Definição e significado de Taxonomie

  Carolus Linnaeus, grondlegger van de systematische indeling van de natuur.

Taxonomie is de wetenschap van het indelen van individuen of objecten in groepen (taxa, enkelvoud taxon). Met de term taxonomie kan zowel de methode worden bedoeld die bij het indelen wordt toegepast, als de hiërarchische ordening of classificatie die het resultaat ervan is. Vrijwel alles kan taxonomisch worden ingedeeld: levende wezens, plantengemeenschappen, dingen, plaatsen, gebeurtenissen, enzovoort.

  Opbouw van het systeem

Een taxonomie is een ordening die in principe steeds wordt aangepast aan de hand van nieuwe ontdekkingen en inzichten. Verschillende taxonomische indelingen kunnen naast elkaar bestaan, zodat een bepaald taxon (een soort bijvoorbeeld) op meerdere manieren kan worden ingedeeld, of op meerdere manieren ten opzichte van andere groepen in een ordening of classificatie worden geplaatst. Het niet eenduidig classificeren van een taxon kan ontstaan door:

• Verschillende criteria op grond waarvan de ordening plaatsvindt
• Verschillende wetenschappelijke inzichten
• Foutief toepassen van de criteria, bijvoorbeeld door onzorgvuldig waarnemen of door onvoldoende kennis
• Het door elkaar gebruiken van verschillende ordeningen of methodes
• Het handhaven van een wetenschappelijk verouderde ordening of methode

  Taxonomie in de biologie

In de biologie houdt de taxonomie zich bezig met het beschrijven, benoemen en indelen van organismen. Tegenwoordig gebeurt het indelen veelal op basis van veronderstellingen over verwantschappen in afstamming. De syntaxonomie houdt zich bezig met de taxonomie van plantengemeenschappen. Met de taxonomie verwante velden, die er ook deels mee overlappen, zijn systematiek en cladistiek.

  Linnaeus

In de biologie heeft Linnaeus in de 18e eeuw baanbrekend werk verricht. Zijn systematische indelingen waren vooral gebaseerd op de uitwendige bouw van planten en dieren, dat wil zeggen op de morfologie. De ontwikkeling van de microscopie in de 17e eeuw maakte het mogelijk niet alleen naar het uitwendige en de macroscopische morfologie, maar ook naar de inwendige structuur en de microscopische details van de anatomie te kijken. Zo ontstonden de cytologie (celbiologie) en histologie (weefselleer).

  Hiërarchie

Organismen kunnen op grond van overeenkomsten hiërarchisch ingedeeld worden in een taxonomische boom, in bijvoorbeeld de volgende twaalf rangen:

De hierarchie van de acht belangrijkste taxonomische rangen. Tussenliggende taxa zijn niet afgebeeld.

De primaire rangen zijn het belangrijkst. Bij een formele classificatie zullen deze altijd vermeld worden. De basiseenheid voor identificatie is de soort. Verwante soorten worden gegroepeerd in geslachten, en deze weer in families.

Er zijn meer rangen mogelijk, zie rang (plantkunde) en rang (zoölogie). Zie ook: binomiale nomenclatuur

  Uitgangen

Taxa boven het niveau van geslacht krijgen vaak een naam gebaseerd op de naam van een geslacht (direct of indirect). Deze namen hebben een standaarduitgang, afhankelijk van de Code die van toepassing is.

  Taxonomie en evolutie

Bij het classificeren van planten en dieren werd aanvankelijk vooral gekeken in hoeverre bepaalde soorten uiterlijk op elkaar lijken. De bedoeling was om zo een overzichtelijke catalogus van het leven te kunnen maken, zoals onder anderen Linnaeus deed. Hij beschouwde soorten als vast en onveranderlijk en in die zin ook niet meer of minder met elkaar verwant. Zijn indeling van het plantenrijk op basis van de aantallen meeldraden en stempels in een bloem is een voorbeeld van een taxonomie waarin een plantensoort snel en eenvoudig een plaatst in het systeem krijgt. Bij dit type taxonomie is in wezen elke classificatie even goed, als ze maar makkelijk toepasbaar is.

In de 19e eeuw kwam ook de paleontologie op: het bestuderen van fossielen en hun bouw en ouderdom. Dit leverde tal van inzichten op over veranderingen van taxa in de tijd en daarmee over hun afkomst en verwantschappen. Eén van de uitvloeisels hiervan was de evolutietheorie. Tegenwoordig wordt er in de biologische taxonomie naar gestreefd om een indeling van het leven te maken die de evolutionaire verwantschappen zo goed mogelijk weerspiegelt. Bij deze taxonomie is er uiteindelijk maar één stamboom die de juiste is, wat niet wil zeggen dat er dan geen discussie meer is over het toekennen van een rang aan de takken van de boom, en het geven van namen daaraan.

  Ontwikkelingen in de biologische taxonomie

  Erfelijke eigenschappen

In de laatste decennia van het tweede millennium kwam een nieuwe bron van informatie beschikbaar, namelijk de vergelijking van DNA sequenties ("moleculaire data"). Het indelen op grond van erfelijke eigenschappen moet uiteraard niet verward worden met genetica, het bestuderen van deze erfelijke eigenschappen.

  Cladistiek

Zie Cladistiek voor het hoofdartikel over dit onderwerp.

  Cladistische taxonomie
Reptielen vormen een parafyletische groep. De groep kan monofyletisch gemaakt worden door er de vogels (Aves) in op te nemen.

Een andere ontwikkeling is die van de cladistiek. De opbouw van dit systeem geschiedt vanuit monofyletische taxa (meervoud van taxon). Dat wil zeggen dat:

1. de groep van één voorouder afstamt,
2. alle afstammelingen van die voorouder ook tot die groep behoren.

Een taxon dat niet aan de eerste eis voldoet heet "polyfyletisch", en een taxon dat wel aan de eerste maar niet aan de tweede eis voldoet heet "parafyletisch". Zowel polyfyletische als parafyletische taxa worden door cladisten als ongewenst beschouwd.

  Verouderde inzichten

Sommige taxa zijn zo ingeburgerd, dat zij moeilijk af te schaffen zijn, ook op Wikipedia. Een goed voorbeeld is de klasse Reptilia. 'Reptiel' is een volledig ingeburgerd begrip en is deel van het dagelijks spraakgebruik geworden. Voor de pure cladisten is echter de klasse Reptilia onaanvaardbaar, omdat de vogels bijvoorbeeld erin ontbreken, terwijl ook zij afstammen van de laatste voorouder die de huidige slangen, hagedissen, brughagedissen, krokodillen en schildpadden gemeen hebben. Reptilia is dus een parafyletisch taxon.

Uit DNA-onderzoek van de zoogdieren is gebleken dat een ingeburgerd taxon als de orde Insectivora in werkelijkheid polyfyletisch is. De tenreks en goudmollen, twee families die uitsluitend in Afrika en Madagaskar voorkomen, bleken eerder aan de olifanten, zeekoeien, aardvarkens en klipdassen dan aan de egels en spitsmuizen verwant. Ook bleken de walvissen meer aan de nijlpaarden dan aan de uitgestorven Mesonychidae verwant, in weerwil van de stellige zekerheid waarmee paleontologen zich ook over die laatste verwantschap hadden uitgesproken.

  Plantentaxonomie

Zie Angiosperm Phylogeny Group voor het hoofdartikel over dit onderwerp.

In de taxonomie van de bedektzadigen heeft de Angiosperm Phylogeny Group (APG) sinds 1998 voor flinke veranderingen gezorgd. De indeling van de hogere groepen was tot voor kort vooral gebaseerd op morfologische en biochemische kenmerken, waarbij het aan de botanici was om te bepalen welke van die kenmerken van doorslaggevend belang waren. De APG heeft gestreefd naar brede consensus over een indeling die gebaseerd is op overeenkomsten in het DNA, waarbij de verwantschappen op grond van kansberekening worden vastgesteld. De benadering van de APG betekent op twee fronten een breuk met het verleden. In de eerste plaats wordt de voorgestelde indeling door een grote groep botanici gemaakt, en niet, zoals voorheen, door één of twee auteurs. In de tweede plaats komt de indeling grotendeels door berekeningen tot stand en niet door de subjectieve bepaling welke kenmerken primair van belang zijn voor de systematische positie van een groep. De APG heeft inmiddels het derde verslag van haar werk gepubliceerd als het APG III-systeem (2009).

Zie ook: Taxonomische database van het Leven op Aarde - nomenclatuur - soortvorming

  Taxonomie in de technologie

In de informatica ontstaat meer en meer de behoefte te komen tot een gemeenschappelijke terminologie in systemen en databases, onder andere ten behoeve van de integratie van gegevens uit verschillende systemen en ten behoeve van de eenduidige uitwisseling van productgegevens, zoals in e-business systemen en kennisgestuurd ontwerpen. Daartoe wordt gebruikgemaakt van gestandaardiseerde definities van begrippen, waarbij de begrippen in een subtype-supertype hiërarchie of taxonomie gerangschikt worden. Deze structuur heeft onder andere als groot voordeel dat eigenschappen van supertypen geërfd worden door de subtypen. Een voorbeeld van zo'n subtype-supertype hiërarchie van begrippen is het Gellish Nederlands Woordenboek (taxonomie in ontwikkeling), waarvan tevens een uitgebreidere Engelse variant beschikbaar is.^[3]

  Computergestuurde taxonomieën

De laatste jaren wordt er binnen de vakgebieden informatica en kunstmatige intelligentie getracht een machine automatisch een taxonomie te laten maken van een verzameling objecten. Een voorbeeld is het automatisch laten classificeren van een groep documenten, voor bijvoorbeeld digitale bibliotheken.

Opmerkelijk is dat in dit vakgebied een onderscheid wordt gemaakt tussen een taxonomie en een typologie. Het verschil zit vooral in de manier waarop de indeling tot stand komt (in de informatica: het classificatie-algoritme). Bij een taxonomie gaat men uit van een groep voorbeeld-objecten die men probeert te verdelen. Vervolgens wordt bekeken wat de karakteristieken van de objecten in een groep zijn, en op deze manier krijgt de taxonomie gestalte. Bij een typologie begint men vanuit het concept. Men bedenkt welke onderscheidende eigenschappen eventuele objecten normaliter zouden kunnen bezitten, en gaat vervolgens de daadwerkelijke objecten volgens deze regels indelen. Men zou kunnen zeggen dat taxonomieën empirisch (inductief) tot stand komen, en typologieën conceptueel (deductief).

  Zie ook

• Leven op aarde (taxonomie)
• Taxonomie van Romiszowski
• Chemotaxonomie
• Typologie
• Lijst van botanici met hun afkortingen
• Lijst van zoölogen met hun afkortingen

  Referenties

  Externe links

• (nl) informatie over Nederlandse soorten
• (nl) Nederlands soortenregister
• (en) Integrated Taxonomic Information system (Engelstalig)
• (en) NCBI Entrez Taxonomy
• (en) Global Taxonomy Initiative
• (en) Global Biodiversity Information Network
• (en) Species 2000 Catalogue of Life
• (nl) Nederlands Biodiversiteit Knooppunt NLBIF
• (en) World Biodiversity Database (ETI BioInformatics)

	Biologie
Aerobiologie · Anatomie · Astrobiologie · Biochemie · Bioanorganische chemie · Biofysica · Biogeologie · Biogeografie · Bio-informatica · Biologische antropologie · Biologische psychologie · Biomedische wetenschappen · Biotechnologie · Botanie · Celbiologie · Cytologie · Ecologie · Elektrofysiologie · Embryologie · Endocrinologie · Epidemiologie · Ethologie · Evolutiebiologie · Exobiologie · Fysiologie · Fytogeografie · Genetica · Glycobiologie · Histologie · Immunologie · Immuunhistochemie · Klinische biologie · Malacologie · Mariene biologie · Medische biologie · Microbiologie · Milieubiologie · Moleculaire biologie · Morfologie · Mycologie · Neurobiologie · Neurofysiologie · Ontwikkelingsbiologie · Ontwikkelingsfysiologie · Paleontologie · Parasitologie · Populatiebiologie · Populatiegenetica · Psychobiologie · Radiobiologie · Spierfysiologie · Synthetische biologie · Systeembiologie · Systematiek · Taxonomie · Toxicologie · Virologie · Visserijbiologie · Zoölogie · Zoögeografie · Zoötomie